La plupart des infections de borrélies passe inaperçue. En cas de troubles, ces derniers sont très variés et peuvent apparaître à différents moments, de manière isolée ou non. De ce fait, il n'est pas toujours simple d'identifier une borréliose.
Un symptôme typique, présent dans environ 90 % des cas, est la rougeur circulaire (érythème migrant). Il s'agit d'une rougeur circulaire d'au moins 5 cm de diamètre, généralement plus pâle au centre que sur les bords et qui s'agrandit lentement sur plusieurs jours. L'érythème migrant se développe entre 3 et 30 jours après la morsure de tique, à l'endroit de la morsure. Il peut toutefois aussi apparaître sur d'autres parties du corps, comme les jambes, la tête ou le cou. De la fièvre, le gonflement des ganglions lymphatiques, des douleurs musculaires ou articulaires peuvent également apparaître lors de l'évolution de la maladie. Nettement plus rares et essentiellement chez les enfants, des gonflements de nodules ou une couleur bleu-rouge au niveau de la peau peuvent apparaître. Les modifications cutanées se situent surtout au niveau des oreilles, des mamelons ou dans la zone génitale.
Dans des cas particuliers, une inflammation chronique de la peau (acrodermatite chronique atrophiante) peut apparaître. La peau de l'intérieur des bras, jambes, doigts ou orteils devient alors progressivement très fine et bleutée.
Lorsque les borrélies touchent le système nerveux, on parle de neuroborréliose. C'est le cas pour environ 3 personnes malades sur 100. Les troubles d'une neuroborréliose débutent la plupart du temps quelques semaines à plusieurs mois après la morsure d'une tique. D'importantes douleurs névralgiques s'intensifiant surtout la nuit en sont typiques. Des paralysies faciales unilatérales ou bilatérales les accompagnent souvent. Des stimulations nerveuses inflammatoires sont également possibles, menant à des engourdissements, des troubles de la vision ou de l'audition, et, dans de rares cas, à des paralysies du tronc, des bras ou des jambes. Chez les enfants, la neuroborréliose s'exprime le plus souvent sous la forme d'une méningite non purulente, qui peut s'accompagner de violents maux de tête ou de paralysies soudaines du visage. Dans de très rares cas, une neuroborréliose tardive peut aussi se développer plusieurs mois à plusieurs années après la morsure d'une tique.
Environ 5 malades sur 100 développent des inflammations articulaires (arthrite de Lyme). L'articulation du genou est la plus souvent concernée, plus rarement l'articulation de la cheville et celle du coude. En général elles évoluent par poussées et sont récurrentes.
Dans de très rares cas, le cœur peut aussi être touché par l'évolution de la maladie, menant à des inflammations du cœur ou à des troubles du rythme cardiaque.
